يُذكر أنه قد تم اعتقال الطلاب الثلاثة فى أوقات مختلفة ومن أماكن متفرقة ، حيث تم اعتقال خالد حلمى يوم الأربعاء الموافق 2014/7/2، حيث ظل قيد الحبس الاحتياطي حتى صدر القرار بإخلاء سبيله في يوم السبت الموافق 2015/1/10، وعلى الرغم من رفض النيابة العامة للطعن المقدم على إخلاء سبيل الطالب، إلا أن الأجهزة الأمنية امتنعت عن تنفيذ قرار الإخلاء في مخالفة واضحة للقانون، وعند إخلاء سبيله صدر قرار بضبطه وإحضاره في تلك القضية، كما قامت قوات الأمن باقتحام منزل مصطفى الرفاعى يوم الثلاثاء الموافق 2014/12/23 واعتقاله، بينما اعتقل عمر أشرف يوم الثلاثاء الموافق 2015/6/16 عقب خروجه من لجنة الامتحانات،والجدير بالذكر أنه قد تمت إحالة الطلاب الثلاثة إلى القضاء العسكري يوم الأحد الموافق 2015/3/29، وذلك على خلفية اتهامهم بعدة تهم من أبرزها: تكوين خلية إرهابية، حيازة أسلحة، وتفجير محول كهرباء.

جاء اعتقال الطلاب تعسفيًا ومن ثم إحالتهم للقضاء العسكري مخالفًا للقانون وكافة المواثيق الدولية وللمادة رقم (54) من الدستور الحالى والتى نصت على أن : ” الحرية الشخصية حق طبيعى، وهى مصونة لاتُمس، وفيما عدا حالة التلبس، لايجوز القبض على أحد، أو تفتيشه، أو حبسه، أو تقييد حريته بأى قيد إلا بأمر قضائى مسبب يستلزمه التحقيق، ومخالفًا أيضًا للمادة رقم (204) والتى نصت على أنه : “لا يجوز محاكمة مدنى أمام القضاء العسكرى”.